Biokemi, Strukturbiokemi och Bioinformatik.
KemiKONSULT kan hjälpa till med de flesta frågeställningar gällande proteiners struktur och dynamik. En specialitet är att automatisera stora beräkningsflöden till vilket vi använder det till stor del egenutvecklade programbiblioteket BisKit.
Johan Leckner har en bakgrund som forskare vid Pasteur Institutet i Paris och vid Chalmers Tekniska Högskola. Hans forskningsområde var inom biokemi, och då främst strukturbiokemi och strukturbioinformatik. Han har alltså stor erfarenhet inom detta område och erbjuder sin experthjälp.
Exempel på några vanliga problem som vi kan hjälpa till med:
- Bygga homologi-modeller av proteiner: Vi erbjuder både att handbygga modellerHomologimodell: Strukturmodell som baseras på evolutionära släktskap mellan proteiner. (Eng: "homology modeling" eller "comparative modeling") av mycket hög tillförlitlighet för enskilda proteiner och att automatiskt generera modeller från hundratals olika sekvenser.
- Utreda strukturella släktskap hos proteiner: Vill ni veta mer om det protein ni jobbar med? Då är det mest effektiva verktyget att analysera den familj som ert protein tillhör. En analys som kombinerar sekvens (2D) och struktur (3D), till exempel via ett kombinerat sekvens alignmentMetoder för att kombinera sekvens alignments från olika källor, tex. sekventiella- och strukturella-alignments. (Eng: "Multiple sequence alignment"), är då det mest effektiva verktyget.
- Identifiera strukturellt eller funktionellt viktiga positioner i aminosyrasekvensen: I stället för att vilt mutera positioner i sekvensen för att hitta de aminosyror som är kritiska för proteinets funktion eller stabilitet finns det tillförlitliga datorbaserade metoder att identifiera dem. Vi kan hjälpa er med att ta fram en lista med de troligaste positionerna.
- Förutsäga protein-proteininteraktioner: Har ni två proteiner som interagerar med varandra? Vill ni veta hur proteinkomplexet ser ut? Fråga oss. Johan Leckner har en gedigen erferenhet från prediktion av protein-proteinbindningDatorbaserade metoder för att förutsäga hur två proteiner binder till varandra. (Eng: "Protein-protein interaction prediction").
- Andra strukturrelaterade frågeställningar: Kanske har ni ett strukturellt motivEtt mindre antal, inte nödvändigtvis sekvensiella, aminosyror med en specifik inbördes geometri. (Eng: "Structural motif") och ni undrar om det även finns hos andra proteiner. Vi kan hjälpa er att utreda det.
För mer information eller om ni har frågor var vänlig och kontakta oss.
Mer om Johan Leckners forskningsbakgrund finns att läsa på hans privata hemsida.
